Spółka Jagiellońskie Centrum Innowacji została powołana w 2004 r. przez Uniwersytet Jagielloński w Krakowie  w celu budowy i zarządzania infrastrukturą Life Science Parku, a także zapewnienia szerokiego zestawu usług dla przedsiębiorców i naukowców rozwijających nauki przyrodnicze. W latach 2009 – 2013 oferta JCI obejmowała przede wszystkim wynajem powierzchni laboratoryjnych, projekty grantów oraz wsparcie finansowe firm w ramach działającego przy JCI funduszu JCI Venture.

Od 2013 r. JCI konsekwentnie rozwijało ofertę, w tym przede wszystkim o usługi badań kontraktowych realizowanych w należących do spółki laboratoriach oraz badań klinicznych prowadzonych w dedykowanym, specjalistycznym ośrodku Centrum Badań Klinicznych JCI.

W 2018 r. spółka uzupełniła ofertę skierowaną do przemysłu kosmetycznego, rozszerzając usługi o recepturowanie i produkcję kosmetyków oraz pozyskała środki finansowe na kolejne inwestycje w projekty i technologie z obszaru life science.